В реках Омска зафиксированы повышенные концентрации марганца и ртути.

Как следует из данных Обь-Иртышского УГМС, уровень загрязнения ртутью высокий, но не экстремальный. При этом источник её поступления в реку до конца не установлен.

Специалисты зарегистрировали превышения по марганцу в четырёх контрольных точках. В Иртыше у правого берега, в 0,5 км ниже впадения Оми, концентрация элемента составила 0,3890 мг/дм³. В самой Оми в 1 км выше устья показатель оказался ещё выше — 0,4711 мг/дм³. Повышенное содержание марганца также обнаружено в Оми в 6 км выше городской черты и в 0,1 км выше Ростовки.

Кроме того, в Оми выявлены следы ртути. В точке мониторинга в 1 км выше устья её концентрация достигла 0,038 мкг/дм³. В Обь‑Иртышском УГМС отмечают, что этот уровень относится к категории высоких, однако до экстремально высоких значений он не дотягивает.

По оценке гидрологов, повышенное содержание марганца носит природный характер: в конце зимы и начале весны элемент поступает в водотоки из Васюганских болот. С ртутью ситуация иная — её источник пока точно не установлен. Экологи допускают, что загрязнение может быть связано с притоком воды из Иртыша, и часть ртути попадает в реку с территории Казахстана.